Вообще если зазор в зацеплении велик, то это неисправность и приведет она впоследствии к нарушению контакта эвольвентных поверхностей зубчатых колес вследствие ударных нагрузок и, соответственно, к ускоренному износу. Удары в косозубых и прямозубых парах недопустимы. Гипоидные еще это выдерживают за счет большей длины зоны контакта и винтовой поверхности. Если коленвал крутится неравномерно на ХХ, то нужно делать диагностику топливной системы.
Просто такая же проблема встречается на Фордах Эскортах, Фиестах конца 90-х годов и не только дизельных. Виновник - подшипник первичного вала. Рокот наблюдается только на холостых оборотах, на скорости все нормально. Лечится заменой подшипника. Хотя Ваш звук не слышал, потому субъективно рассуждаю. Здесь слушать надо.
Не заливайте более вязкое масло, это поможет разве что синхронизаторам - валы будут останавливаться быстрее, станут легче включаться передачи. Но худшее его разбрызгивание внутри картера не улучшит смазку труднодоступных узлов. В зимнее время это тоже даст свои минусы.